Bebenhausen wurde um 1185 durch Pfalzgraf Rudolf von Tübingen als Prämonstratenserkloster gegründet. Schon wenige Jahre später, 1190, wurde das Kloster von den Zisterziensern übernommen und von Schönau bei Heidelberg aus besiedelt. Von 1560 bis 1807 bestand in Bebenhausen eine evangelische Klosterschule, das eigentliche Zisterzienserkloster wurde 1648 endgültig aufgehoben.
Die heutigen Klostergebäude stammen aus der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts. Das Kirchenschiff wurde im 16. Jahrhundert gekürzt und besitzt jetzt nur noch drei Langhausjoche. Der markante Vierungsturm im hochgotischen Stil stammt aus den Jahren 1407-14.