Das Kloster St. Johannis wurde im späten 12. Jahrhundert als Benediktinerkloster gegründet und später als Doppelkloster geführt. Aufgrund disziplinärer Schwierigkeiten ordnete der Lübecker Bischof 1245 die Verlegung des Mönchsklosters gegen den Widerstand der Mönche nach Cismar auf der Halbinsel Wagrien an. Der Konvent in Lübeck wurde gleichzeitig an Nonnen des Zisterzienserordens übergeben, die aus dem Kloster Lilienthal bei Bremen nach Lübeck kamen. Als in Lübeck die Reformation Einzug hielt (1531), bestand das Johanniskloster als einzige katholische Institution zunächst weiter, weil es einen kaiserlichen Schutzbrief besaß. Spätestens 1577 war das Kloster aber der evangelischen Marienpfarrei unterstellt und in ein adliges Damenstift umgewandelt. Das Johanniskloster bestand in dieser Form bis 1803; nach dem Reichsdeputationshauptschluß zog die Stadt Lübeck die Besitztümer des Klosters ein. Direkt anschließend (1805/06) wurden die Klostergebäude abgerissen; an ihrer Stelle stehen heute ein Altersheim, die neue Hauptfeuerwache und das Gymnasium Johanneum in der Straße Bei St. Johannis. Einer der vom Gymnasium genutzten Räume ist das mittelalterliche Refektorium.