Ein 1241 gegründete Gemeinschaft von Nonnen zog 1245 von Ebikon nach Rathausen und errichtete dort eine erste kleine Kapelle. Um 1260 wurde das Kloster in den Zisterzienserorden aufgenommen. Es unterstand zunächst dem Kloster Lützel, später dem (nähergelegenen) Kloster St. Urban. Die wirtschaftliche Situation von Rathausen war lange Zeit schwierig. Als das nahegelegene Eschenbach 1588 zum Zisterzienserorden übertrat, wurden die vier Klöster der Umgebung (neben Rathausen und Eschenbach auch Ebersecken und Neuenkirch/Selnau) neu geordnet; Rathausen und Eschenbach blieben bestehen. In Rathausen wurde eine neue Klosteranlage errichtet. 1848 wurde der Konvent aufgehoben, die Nonnen zogen zunächst nach Eschenbach und 1855 weiter nach Schwyz, später nach Vézelise in Lothringen und schließlich 1902 nach Thyrnau in der Nähe von Passau. In den Klostergebäuden in Rathausen wurde eine kantonale Erziehungsanstalt eingerichtet, die von katholischen Ordensschwestern geleitet wurde. Schon 1949 gab es nach Mißbrauchsvorwürfen eine Untersuchung gegen die damalige Leitung und auch eine Verurteilung. Ab 1951 führte eine private Stiftung das Kinderheim unter dem Namen Kinderdörfli Rathausen. Seit 1989 sind die Klostergebäude im Besitz der Stiftung für Schwerbehinderte Luzern (SSBL). Die Gebäude, die direkt am Ufer der Reuss stehen, stammen im wesentlichen noch aus der Umbauphase von 1588 bis 1592. Sie wurden aber später barockisiert und dann 1903 bei einem Brand beschädigt. Das Klostergelände ist frei zugänglich.