Um eine spätmittelalterliche Afra-Kapelle am nördlichen Stadtrand von Landshut stifteten die Wittelsbacher (bzw. Ludmilla von Bayern, die Witwe des 1231 ermordeten Landshuter Stadtgründers Herzog Ludwig I. von Bayern) im Jahr 1231 ein Kloster, dessen Nonnen hauptsächlich adlige Töchter waren. Rechtlich wurde das Nonnenkloster 1246 in den Zisterzienserorden aufgenommen und kam als "Seligenthal" unter die Aufsicht des Klosters Kaisheim. Die um die Afrakapelle herum gebaute Abteikirche (1259 geweiht) diente als Grablege und Hofkirche der Wittelsbacher. Nach dem Dreißigjährigen Krieg war die Anlage weitgehend zerstört. 1732-34 wurde zudem die romanische Klosterkirche in Rokoko-Formen umgebaut; die Stuckverzierungen, Altarbilder und Deckenfresken im Inneren stammen von Johann Baptist Zimmermann. 1803 wurde Seligenthal dann im Zuge der Säkularisation aufgelöst. 1835 wurde die bereits im Jahr 1782 gegründete Mädchenschule wiedereröffnet und die Klostertradition wiederaufgenommen. Seit 1862 ist Seligenthal wieder Priorat (für Zisterzienserinnen) und seit 1925 auch wieder Abtei, die heute noch besteht.