Obwohl Cîteaux an einer eigentlich ungünstigen Stelle in einer wenig fruchtbaren Gegend gegründet wurde, konnte das Kloster eine erfolgreiche Entwicklung verzeichnen. 1760 wurden die mittelalterlichen Klosterbauten niedergelegt. Die großangelegten Pläne eines Neubaus im klassizistischen Stil machte die Französische Revolution zunichte. Wie viele andere Klöster wurde auch Cîteaux während der Französischen Revolution aufgelöst und anschließend in eine Fabrik umgewandelt. Die Klosterkirche wurde abgerissen. So haben sich heute nur zwei Bauten aus dem 15. und 17. Jahrhundert, nichts aber aus der Gründungszeit oder den frühen Jahren des Klosters erhalten.
1898 siedelten sich in Cîteaux wiederum Zisterziensermönche an und sorgten so für eine Wiederbelebung des Klosterbetriebes. 1998 konnte Cîteaux sein 900-jähriges Bestehen feiern. Zu diesem Anlaß wurde auch ein Flügel des Kreuzganges wiederhergestellt und das Kloster für Besichtigungen geöffnet. Die fast zwei Stunden dauernde Führung durch die historischen Bauten ist unbedingt empfehlenswert.
