Dafür sorgt auch die wunderschöne Lage im waldigen Tal des Baches von Fontenay, einem Nebenfluß der Brenne, das sich von Montbard aus nach Nordosten erstreckt. Im Rahmen einer Besichtigung kann man fast die gesamte Anlage besuchen. Die Klosterkirche mit ihrem 66 Meter langen Schiff zu acht Jochen wurde 1139-47 errichtet; sie ist die älteste erhaltene Zisterzienserkirche, streng nach den Vorgaben Bernhards errichtet. So besitzt sie zum Beispiel keinen Glockenturm, sondern lediglich einen kleinen Dachreiter, und ist auch im Inneren sehr schlicht und nahezu schmucklos. Nur im nördlichen Querhaus steht die Figur der Notre Dame de Fontenay, eine der bedeutendsten Bildhauerarbeiten des 13. Jahrhunderts. Trotz der schmucklosen Strenge oder vielleicht auch genau deshalb entfaltet der Innenraum eine beeindruckende Atmosphäre.
Der Kreuzgang hat sich seit dem 12. Jahrhundert bis heute unverändert erhalten. In seiner Architektur entspricht er vollständig den von Bernhard aufgestellten zisterziensischen Bauregeln. Jeweils zwei Bögen werden durch einen Blendbogen zusammengefaßt. Die einzelnen Bögen ruhen auf schlanken Doppelsäulen und besitzen sehr schöne geschmückte Kapitelle.
Der Kapitelsaal, der den Versammlungen der Mönchsgemeinschaft diente, ist mit seinen Pfeilern mit ihren Säulenbündeln, die das Kreuzrippengewölbe tragen, einer der schönsten Räume des Klosterkomplexes von Fontenay.
Zu den Klostergebäuden gehören auch die Wirtschaftsgebäude wie z.B. die Alte Schmiede am kanalisierten Fluß. Hier betrieben die Mönche einen Eisenhammer und erfanden dafür das mit Wasserkraft angetriebene Hammerwerk. Die Schmiede ist eines der ältesten Industriedenkmäler Europas.
